Net zoals bij andere vormen van huidkanker is overmatige en herhaalde blootstelling aan ultraviolet of uv-straling van de zon en/of zonnebank de belangrijkste risicofactor. Ook bepaalde lichttherapieën op basis van het medicijn psoraleen en ultraviolet A-licht (UVA), met name tegen psoriasis (PUVA-therapie), kunnen huidkanker in de hand werken.
Herhaalde ernstige zonnebrand, vooral tijdens de kinderjaren, verhoogt het risico op huidkanker op latere leeftijd. Dit kankertype komt vaker voor bij mensen die buitenshuis werken.
Het merkelcelpolyomavirus (MCV of MCPyV) wordt aangetroffen in de kankercellen bij ongeveer 8 op de 10 mensen met een merkelcelcarcinoom (MCC). Het is een veelvoorkomend virus dat de meeste MCC-patiënten tijdens hun kinderjaren oplopen. De infectie veroorzaakt meestal geen symptomen en leidt zelden tot de ontwikkeling van MCC. Aangezien 20% van de MCC-patiënten er niet aan zijn blootgesteld, lijkt dit virus niet noodzakelijk te zijn voor de ontwikkeling van de ziekte.
Van je huidtype of fototype hangt de gevoeligheid van je huid voor ultraviolet licht af. Men onderscheidt zes natuurlijke huidtypes, van de lichtste (type 1) tot de donkerste huid (type 6). Het is belangrijk erop te wijzen dat bruinen je fototype niet verandert.
Huidtypes 1, 2 en 3 zijn het meest kwetsbaar voor ultraviolet of uv-straling. De meeste Belgen hebben huidtype 2, gekenmerkt door licht haar en een lichte huid, die gemakkelijk bruint maar ook snel verbrandt.
Het risico op een merkelcelcarcinoom verhoogt met de leeftijd: 8 op de 10 MCC-patiënten zijn ouder dan 70 jaar.
Merkelcelcarcinoom wordt vaker bij mannen dan bij vrouwen vastgesteld.
Mensen van wie het immuunsysteem ten gevolge van bepaalde ziekten of medische behandelingen is verzwakt, hebben een grotere kans om door bepaalde soorten kanker te worden getroffen, waaronder een merkelcelcarcinoom. Dit geldt bijvoorbeeld voor patiënten die behandeld worden met immunosuppressieve medicijnen (onder andere bij orgaantransplantatie en auto-immuunziekten), qua immuunsysteem door hiv verzwakte patiënten, al dan niet met aids, en patiënten met bloedkanker zoals chronische lymfatische leukemie (CLL) of bepaalde lymfomen.