Beschrijving van het project
-
- Titel van het project: Defining circulating tumor DNA signatures in urine samples to improve prostate cancer screening and early stratification
- Selectiejaar van het project: 2023
- Organisatie: Universiteit Gent
- Toegekend bedrag: 368 081 €
- Duurtijd financiering: 4 jaar
Prostaat-specifiek antigeen (PSA) is een veelgebruikte biomarker bij screening op prostaatkanker (PCa). Er is echter een risico op overdiagnose met slechts een zeer beperkte toegevoegde waarde in PCa-specifieke mortaliteit. Bovendien lijden patiënten die een biopsie ondergaan op basis van vals-positieve PSA-resultaten vaak aan onnodige rectale bloedingen en infecties. Daarom zijn nieuwe biomarkers gewenst die onderscheid maken tussen mannen die waarschijnlijk een agressieve ziekte zullen ontwikkelen in plaats van de aanwezigheid van PCa te suggereren. In dit project ontwikkelen we een nieuwe screeningstrategie waarbij patiënten met een verhoogd PSA-gehalte worden gescreend op genetische afwijkingen in hun celvrij DNA (cfDNA)-fractie in de urine. Om deze strategie op te zetten, gebruiken we het germline DNA (gDNA) en urine cfDNA verzameld tijdens de Prostate-Biomarker (ProBio) trial. Eerst passen we gerichte longread nanopore sequencing toe om het haplotype van de patiënt op gDNA-niveau te bepalen. De longreadinformatie maakt het mogelijk om direct te beoordelen of varianten op hetzelfde allel voorkomen en wordt gebruikt om klonale hematopoëse van onbepaald potentieel te beoordelen. Vervolgens wordt de cfDNA-fractie in de urine van de patiënt onderzocht op veranderingen in de geïdentificeerde haplotypes met behulp van zeer nauwkeurige AVITI-sequencing. Urine cfDNA-veranderingen waarvan is gevalideerd dat ze geassocieerd zijn met klinisch significant PCa zullen dienen als specifieke screeningshandtekeningen voor nieuwe testplatforms.
